El Hospital fue construido en desarrollo del programa de Ciudad Bolívar, el cual se generó por un convenio internacional celebrados entre la Alcaldía Mayor de Bogotá y el Banco  Interamericano de Desarrollo  BID.

Mediante el Acuerdo Distrital No.20 el Hospital El Tunal  fue clasificado como institución  de  tercer  nivel  de  atención,  considerando  esencialmente  su ubicación geográfica  y  las necesidades de  servicios de  salud altamente especializados en  la población del área de  influencia más próxima.

Fue  inaugurado en mayo de 1990 y dado al servicio el 15 de septiembre del mismo año.